od 2011 roku pełni funkcje kierownika katedry gospodarki energetycznej na Brandenburskim Uniwersytecie Technicznym w Cottbus. Koncentruje się głównie na zagadnieniach ekonomii energetycznej oraz projektowania i modelowania rynków. Katedra ściśle współpracuje naukowo z organizacjami politycznymi i gospodarczymi, m.in. Müsgens posiada doświadczenie zawodowe zarówno w zakresie badań naukowych jak i praktyki rynkowej. Jako naukowiec odbywał pobyty badawcze na University of Cambridge, Victoria oraz Oxford Institute for Energy Studies.